两者主要有以下五点不同:

(1)目的不同。行政官司的原告是认为行政机关的具体行政行为侵犯了自己的人身权、财产，请求法院确认行政机关的具体行政行为违法或处罚显失公正。而民事官司的原告提起诉讼，是为了保护自己的民事权利。

(2)诉讼主体不同。在行政诉讼中，有一方必定是行政机关，而且它一直处于被告地位，不得反诉；在民事官司中，双方当事人既可以当原告，也可以当被告，被告可以反诉。

(3)人民法院受理起诉的条件不同。行政官司，有的可直接向人民法院起诉，有的在起诉前必须经过上一级行政机关的复议；而提起民事诉讼则没有这样的条件，只要有明确的被告、具体的诉讼请求和事实根据，属人民法院主管的，就可以起诉。

(4)举证责任不同。在行政诉讼中，由行政机关承担对被诉的具体行政行为的举证责任，原告不负举证责任，而在民事诉讼中，谁提出诉讼主张，谁就负有举证责任。

(5)审理原则不同。法院审理行政案件，不适用调解，必须以判决或裁定的方式结案；而审理民事案件，可以调解。